Menkıbelere göre Hızır’la görüştü ve Yesi’de sahabeden olduğuna inanılan Arslan Baba’ya intisap ederek ondan feyiz aldı. Arslan Baba’nın Yesi’ye gelerek Ahmed Yesevî’yi bulması ve Hz. Peygamber’in kendisine teslim ettiği emanet hurmayı vermesi, terbiyesi ile meşgul olup irşat etmesi, Hz. Peygamber’in manevi bir işaretine dayandırılır. Arslan Baba’nın terbiye ve irşadıyla Yesevî, kısa zamanda şöhret buldu. Arslan Baba’nın vefatı üzerine Yesevî, dönemin önemli kültür merkezlerinden biri olan Buhara’ya gitti (Bice 1993: X-XI). Orada büyük âlim ve mutasavvıf, Şeyh Yûsuf el-Hemedânî’ye bağlandı, onun irşat ve terbiyesi altına girdi. Yûsuf Hemedânî’den dinî ve tasavvufi ilimleri öğrendi. Hikmetlerinden birinde Şeyh Yusuf-i Hemedânî’ye yirmi yedi yaşında intisap ettiğini ifade etmekle beraber, bu intisabın kaç tarihinde olduğu belirtilmemektedir. Yûsuf el-Hemedânî’nin vefatı üzerine irşat makamına önce Abdullâh-ı Berkî, sonra Şeyh Hasân-ı Endekî ardından Ahmed Yesevî geçti. Şeyhi Yûsuf el-Hemedânî’nin hayattayken işaret ettiği üzere bir müddet sonra yerini Şeyh Abdülhâlik-ı Gücdüvânî’ye bırakarak Yesi’ye döndü; vefatına kadar (h.562/m.1166) burada irşat faaliyetlerine devam etti (Bice 1993:XI; Eraslan 2000:12). Anlatılanlara göre Yesevî, altmış üç yaşına geldiğinde tekkesinin avlusunda bir çilehane hazırlattı ve vefatına kadar burada ibadet ve riyazetle meşgul oldu. Doğum tarihi bilinmediğinden kaç yıl yaşadığı hususunda kesin bir şey söylemek mümkün değilse de on yıl, yaptırdığı bu hücrede yaşadığı ve 73 yaşında vefat ettiği, 120 yaşına kadar yaşadığı ve H. 562/M. 1167’de öldüğü de rivayetler arasındadır (Bice 1993:XII; Eraslan 2000:13). Öldükten sonra da kerametlerinin devam ettiğine inanılan Ahmed Yesevî’nin, kendisinden yaklaşık iki asır sonra gelen Timur’un (1336-1405) rüyasına girdiği ve kendisini zaferle müjdelediği; Timur’un da şükran ifadesi olarak ona anıt-mezar şeklindeki türbeyi yaptırdığı rivayet edilir. İki sene içinde tamamlanan türbe, camii ve dergâhı ile bir külliye hâlini almıştır. Zamanla harap olan türbenin, Özbek Hanı Abdullah Han ya da Şeybanî Han tarafından tamir ettirildiği rivayet edilmektedir (Bice 1993:XII-XIII; Eraslan 2000:16). Ahmed Yesevî’nin türbesi yılın her mevsiminde ziyaret edilmekte özellikle Zilhicce ayında Türkmen, Özbek, Kazak ve Kırgız Türkleri tarafından burada görkemli merasimler düzenlenmektedir. Ahmed Yesevî’nin, mezarının bulunduğu bölgede defnolunanlara şefaat edeceği inancı yaygın olduğu için, Kırgız ve Kazak Türkleri cenazelerini türbe yakınlarına getirmekte ve buraya yakın yerlere defnetmektedirler (Eraslan 2000:17; Köprülü 1997:211; Özköse 2006: 299).

İki kubbeli dikdörtgen bir yapı olan külliyede merkezî bölümün ortasında büyük bir kazan yer alır. Yedi metalin karışımından oluşan bu kazanın etrafında bazı dualar ve kazan ustası hakkında bilgiler vardır. Önceleri bu kazana hafif tatlandırılmış su koyularak Cuma namazlarından sonra ziyaretçilere ikram edildiği ve şifalı olduğuna inanıldığı ifade edilmektedir. Bu kazan 1934’te Stalin’in emriyle götürüldüğü bir sergiden geri getirilmeyerek St. Petersburg’daki Leningrad Hermitage müzesine konmuş, sonraları Kazakistan makamlarının gayreti ile 1989 yılında yeniden türbedeki yerini almıştır. Üzerinde büyük bir kubbe olan bu merkezî bölümün çevresinde mutfak (halımhâne), mescid, kütüphane, derviş odaları (halvethâne), su kuyusu odası (kudukhâne) gibi çeşitli maksatlarla planlanmış birçok bölüm vardır.

Merkezî bölümün bitişiğinde Orta Asya kültüründe evliya türbelerinin sembolü olan bir tuğ (ucunda at kuyruğu kılları, sancak ve alem olan bir direk) ve bir kapı yer alır. Bu kapı Ahmed Yesevî’nin mezarının bulunduğu odaya (Gûrhâne) açılmaktadır. Ahşap oyma işçiliği ürünü olan kapının iç tarafındaki döküm halkalardan birinde, yapılış tarihi olan hicrî 797 (m. 1395) tarihi bulunmaktadır. Bu mezar odasının üzerinde küçük kubbe vardır. Yesevî’nin mezar sandukası, açık yeşil renkte bir taştan yapılmıştır. Merkezî bölümün yanlarındaki odalardan bazılarında başka mezarlar da bulunmaktadır. XVI. yüzyıldan itibaren Kazak Türklerinden bazı yüksek mevki sahibi kişiler ve yöneticiler buralara defnedilmiştir.

Külliyenin etrafı ve üzeri çinilerle süslenmişken, giriş kapısının bulunduğu cephesi çinisizdir. Bu durum, Timur’un vefatı üzerine külliye inşaatının bitirilemediği ve çini süslemelerinin kısmen eksik kaldığı şeklinde açıklanmaktadır. Hatta ana girişin üstündeki kemer kısmının da Timur’un vefatıyla eksik kaldığı ve hicrî 1000 (1591-92) senesinde Buhara emîri Abdullah Han’ın emri ve desteği ile bu kemerin tamamlandığı belirtilmektedir. Abdullah Han zamanında kurulan iskeleden kalan tahtaların bir kısmı günümüze kadar ulaşmıştır.

Türbenin dışını çevreleyen üç cephesinde üst kenarı takip eden kuşak şeklinde çinilerle süslü Kur’ân âyetleri vardır. Bunlar En’âm sûresinin 59-63 âyetleri arasıdır. Ayrıca dış cephede çinilerle ve Kûfî hatla Allah, Muhammed, el-Hamdü lillah, Allâhü Ekber, Lâ ilâhe illallah gibi yazılar işlenmiştir. Türbenin dışında giriş kapısına bakan bahçedeki küçük türbe, Uluğ Beg’in kızı ve Ebu’l-Hayr Han’ın eşi olan Râbia Sultan’ın türbesidir.